Służba Wywiadu Wojskowego jako służba specjalna  podlega w szczególności  kontroli następujących organów państwowych i instytucji:

Prezydent RP:

• opiniuje wnioski w sprawie powołania poszczególnych osób na stanowiska Szefa SWW;
• otrzymuje od Ministra Obrony Narodowej wytyczne, określające kierunki działania SWW a także zatwierdzone przez Kolegium do Spraw Służb Specjalnych: roczne plany działania na rok następny oraz sprawozdania z działalności i wykonania budżetu SWW za poprzedni rok kalendarzowy;
• jeżeli w toku realizacji czynności operacyjno-rozpoznawczych ujawnią się okoliczności wskazujące na to, że sprawa będąca przedmiotem tych czynności nie pozostaje w kompetencji SWW, Szef może podjąć decyzję o jej kontynuowaniu, jeżeli jest to uzasadnione bezpieczeństwem państwa. Prezydent RP jest wówczas powiadamiany za pośrednictwem Ministra Obrony Narodowej o takim wniosku Szefa SWW;

Prezes RM:

• powołuje i odwołuje Szefa SWW, na wniosek Ministra Obrony Narodowej, po zasięgnięciu opinii Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej oraz Kolegium do Spraw Służb Specjalnych i Sejmowej Komisji do Spraw Służb Specjalnych;
• zatwierdza wytyczne określające kierunki działania SWW;
• wyraża zgodę na podjęcie przez Szefa SWW współpracy z właściwymi organami i służbami innych państw;
• określa, w drodze rozporządzenia, formy i tryb współdziałania SWW z odpowiednimi organami, służbami i instytucjami podległymi ministrowi właściwemu do spraw wewnętrznych, z odpowiednimi organami i jednostkami organizacyjnymi podległymi ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych, a także z innymi organami, służbami i instytucjami uprawnionymi do wykonywania czynności operacyjno-rozpoznawczych, uwzględniając właściwość tych organów, służb i instytucji;
• określa, w drodze rozporządzenia, sposób dokumentowania kontroli operacyjnej oraz przechowywania i przekazywania wniosków i zarządzeń, a także przechowywania, przekazywania oraz przetwarzania i niszczenia materiałów uzyskanych podczas stosowania tej kontroli, uwzględniając potrzebę zapewnienia niejawnego charakteru podejmowanych czynności i uzyskanych materiałów oraz wzory stosowanych druków i rejestrów;
• określa, w drodze rozporządzeń, zakres, warunki i tryb przekazywania SWW informacji przez organy, służby i instytucje państwowe, uwzględniając zakres i sposób działania tych instytucji, potrzebę minimalizowania kosztów udostępniania oraz konieczność szczegółowej ochrony danych osobowych.

Ponadto:

• Szef SWW powiadamiając Ministra Obrony Narodowej, przekazuje niezwłocznie Prezesowi Rady Ministrów informacje mogące mieć istotne znaczenie dla bezpieczeństwa i międzynarodowej pozycji Rzeczypospolitej Polskiej;
• Szef SWW przedstawia corocznie do dnia 31 marca Prezesowi Rady Ministrów oraz Ministrowi Obrony Narodowej sprawozdania z działalności i wykonania budżetu SWW za poprzedni rok kalendarzowy; 
• w przypadku zwolnienia stanowiska Szefa SWW lub czasowej niemożności sprawowania przez niego funkcji, Prezes Rady Ministrów może powierzyć pełnienie obowiązków Szefa, na czas nie dłuższy niż 3 miesiące, jego zastępcy lub, na wniosek Ministra Obrony Narodowej, innej osobie;
• po uzyskaniu zgody Prezesa Rady Ministrów, Minister Obrony Narodowej, nadaje, w drodze zarządzenia, statut SWW, który określa jej organizację wewnętrzną;
• jeżeli w toku realizacji czynności operacyjno-rozpoznawczych ujawnią się okoliczności wskazujące na to, że sprawa będąca przedmiotem tych czynności nie pozostaje w kompetencji SWW, Szef służby może podjąć decyzję o jej kontynuowaniu, jeżeli jest to uzasadnione bezpieczeństwem państwa. Szef SWW podejmuje taką decyzję za zgodą Prezesa Rady Ministrów;

Minister Obrony Narodowej

Szef SWW podlega Ministrowi Obrony Narodowej z zastrzeżeniem ustawowych uprawnień Prezesa Rady Ministrów lub Ministra Koordynatora do Spraw Służb Specjalnych;

Minister Obrony Narodowej:

• określa kierunki działania SWW w drodze wytycznych;
• wnioskuje do Prezesa Rady Ministrów o powołanie i odwołanie Szefa SWW;
• zatwierdza plany i sprawozdania, o których mowa wyżej;
• na wniosek Szefa SWW, powołuje i odwołuje zastępców Szefa SWW, po zasięgnięciu opinii Sejmowej Komisji do Spraw Służb Specjalnych;
• po uzyskaniu zgody Prezesa Rady Ministrów, nadaje, w drodze zarządzeń, statut SWW, który określa jej  organizację wewnętrzną;
• wyraża zgodę na  zarządzenia Szefa SWW dot. regulaminów organizacyjnych jednostek organizacyjnych, w których określa ich strukturę wewnętrzną i szczegółowe zadania;
• określa, w drodze zarządzenia niepodlegającego ogłoszeniu, formy i tryb współdziałania SKW i SWW;
• wyraża opinię przed wyrażeniem przez Prezesa Rady Ministrów zgody na podjęcie przez Szefa SWW współpracy z właściwymi organami i służbami innych państw;
• określa, w drodze zarządzenia niepodlegającego ogłoszeniu, zakres i tryb współdziałania SWW ze Sztabem Generalnym Wojska Polskiego i innymi komórkami organizacyjnymi Ministerstwa Obrony Narodowej oraz dowódcami rodzajów SZ RP, okręgów wojskowych, garnizonów wojskowych i jednostek wojskowych;
• określa, w drodze zarządzenia, tryb i sposób powoływania jednostek organizacyjnych SWW, wchodzących w skład jednostek wojskowych SZ RP realizujących zadania za granicą, uwzględniając konieczność zapewnienia bezpieczeństwa i zdolności bojowej tych jednostek oraz przepisy regulujące funkcjonowanie jednostek Sił Zbrojnych;
• wraz z ministrem właściwym do spraw zagranicznych określa, w drodze zarządzenia niepodlegającego ogłoszeniu, formy i tryb współdziałania SWW z organami, służbami i instytucjami podległymi ministrowi właściwemu do spraw zagranicznych, uwzględniając właściwość tych organów, służb i instytucji.
• zatwierdza zarządzenia Szefa SWW określające szczegółowe zasady tworzenia i gospodarowania funduszem operacyjnym, stanowiące tajemnicę państwową;
• jest powiadamiany przez Szefa SWW o przekazywaniu Prezydentowi Rzeczypospolitej Polskiej i Prezesowi Rady Ministrów informacji mogących mieć istotne znaczenie dla bezpieczeństwa i międzynarodowej pozycji Rzeczypospolitej Polskiej;
• określa, w drodze rozporządzenia, szczegółowy sposób przeprowadzania czynności operacyjno – rozpoznawczych;
• określa, w drodze rozporządzeń, szczegółowe formy i tryb przeprowadzania postępowania kwalifikacyjnego wobec żołnierzy ubiegających się o wyznaczenie na stanowisko służbowe w SWW, wzór kwestionariusza osobowego, uwzględniając potrzebę uzyskania takich informacji o kandydacie, które są niezbędne do podjęcia decyzji o przyjęciu do służby w SWW, wzór legitymacji służbowej SWW oraz innych dokumentów SWW, organy właściwe do ich wydawania, wymiany i unieważniania oraz dokonywania w nich wpisów, przypadki, w których legitymacja służbowa lub inne dokumenty podlegają zwrotowi, wymianie lub unieważnieniu, a także tryb postępowania w przypadku ich utraty, jak również sposób posługiwania się legitymacją służbową oraz innymi dokumentami, uwzględniając w szczególności okres ważności legitymacji, okoliczności uzasadniające jej wymianą i zwrot, zadania przełożonych w zakresie wydawania legitymacji i dokonywania w niej wpisów, treść legitymacji, a także regulacje dotyczące innych dokumentów, w tym zwłaszcza dokumentów uprawniających do świadczeń lekarskich;
• określa, w drodze rozporządzeń, warunki i tryb oddelegowania, uprawnienia i obowiązki żołnierza w czasie oddelegowania, wysokość i sposób wypłacania uposażenia i innych świadczeń pieniężnych przysługujących oddelegowanemu żołnierzowi, uwzględniając miejsce oraz charakter i zakres wykonywanych przez niego zadań służbowych poza SWW, a także ustali, z uwzględnieniem przepisów o ochronie informacji niejawnych, szczególne uprawnienia i obowiązki żołnierza pełniącego służbę poza granicami kraju.

Szef SWW:

• najpóźniej na 3 miesiące przed końcem roku kalendarzowego, przedstawia Ministrowi Obrony Narodowej roczne plany działania na rok następny;
• przedstawia corocznie do dnia 31 marca Prezesowi Rady Ministrów oraz Ministrowi Obrony Narodowej sprawozdania z działalności i wykonania budżetu SWW za poprzedni rok kalendarzowy;
• jeżeli w toku realizacji czynności operacyjno-rozpoznawczych ujawnią się okoliczności wskazujące na to, że sprawa będąca przedmiotem tych czynności nie pozostaje w kompetencji SWW, Szef służby może podjąć decyzję o jej kontynuowaniu, jeżeli jest to uzasadnione bezpieczeństwem państwa. Szef SWW podejmuje taką decyzję za zgodą Prezesa Rady Ministrów, przedstawioną za pośrednictwem Ministra Obrony Narodowej;

Kolegium ds. Służb Specjalnych

Kolegium do Spraw Służb Specjalnych jest organem opiniodawczo-doradczym Rady Ministrów w sprawach programowania, nadzorowania i koordynowania działalności służb specjalnych oraz innych organów państwowych w zakresie ochrony państwa.
Kolegium ma prawo do wyrażania opinii lub formułowania ocen w sprawach:

• powołania i odwołania Szefa SWW i zastępców Szefa SWW;
• kierunków i planów działań SWW;
• projektu budżetu SWW;
• projektów aktów prawnych dot. działalności służb specjalnych;
• wykonywania przez SWW  powierzonych  jej zadań zgodnie z kierunkami i planami działania;
• rocznych sprawozdań z działalności przedstawianych przez Szefa SWW;
• koordynowania działalności służb specjalnych z instytucjami, służbami krajowymi;
• współdziałania SWW z organami i służbami innych państw;
• organizacji wymiany informacji istotnych dla bezpieczeństwa i międzynarodowej pozycji RP pomiędzy organami administracji rządowej;
• sprawozdania z działalności i wykonania budżetu SWW za poprzedni rok kalendarzowy;
• ochrony informacji niejawnych.

Komisja ds. Służb Specjalnych

Komisja ds. Służb Specjalnych:

• opiniuje projekty ustaw i rozporządzeń dotyczących SWW;
• ocenia akty normatywne o charakterze ogólnym w sprawach działalności SWW;
• opiniuje kierunki pracy SWW w oparciu o informacje przedstawiane przez Szefa SWW;
• rozpatruje coroczne sprawozdania Szefa SWW;
• opiniuje wnioski w sprawie powołania poszczególnych osób na stanowiska szefa SWW i zastępców szefa SWW;
• opiniuje projekt budżetu w zakresie dotyczącym SWW oraz sprawozdania z jego wykonania;
• ocenia współdziałanie służb specjalnych podległych Ministrowi Spraw Wewnętrznych i Administracji oraz Ministrowi Obrony Narodowej oraz działania tych służb z innymi służbami i jednostkami wojskowymi nadzorowanymi przez Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji;
• ocenia współdziałanie SWW z organami administracji państwowej i organami ścigania oraz badanie skarg dotyczących działalności służb specjalnych;
• bada skargi dot. działalności służb specjalnych, w tym m.in. SWW.